La Reserva de la Biosfera de Ría Lagartos cuenta con amplia diversidad de ecosistemas, como manglar, selvas medinasubperennifolia y baja caducifolia; así como vegetación de dunas costeras, petenes y sabana.
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Éstas dan resguardo a 333 especies de aves, de las cuales 177 son residentes, 142 migratorias y 14 son residentes-migratorias, entre las que destaca el flamenco rosa Phoenicopterus ruber, que tiene un sitio de anidación preponderante en la cuenca de El Cuyo, lo que originó la protección legal de Ría Lagartos en 1979.
El colorido plumaje color salmón rosado de los flamencos de la Península de Yucatán es el resultado de una dieta basada en artemias y crustáceos diminutos que sólo se encuentran en esta zona.
Otras aves que destacan son la garza cuchara y la blanca, la paloma de alas blancas, el tucán, el xtakay y el yah. Se estima que entre noviembre y febrero llegan a la porción Norte de la península más de 300,000 aves acuáticas migratorias.
Sus refugios invernales son las reservas de la Biosfera de Ría Lagartos y Ría Celestún, así como las reservas estatales de Dzilam de Bravo y de El Palmar.
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